2012年3月28日，二公司承建的蘇州河底泥首次大規模疏浚工程完工。
底泥疏浚工程是此次蘇州河綜合整治工程的“重頭戲”，二公司承擔自真北路橋至蘇州河口（全長16多公里）疏浚任務，疏浚的黑臭底泥及各類垃圾共計130萬立方米。
二公司參與上海母親河——蘇州河整治工作淵源頗長，屢立新功。1988年，在時任上海市市委書記江澤民提筆寫下“決心把蘇州河治理好”后，二公司承建了蘇州河閘橋（一期）工程，之后又相繼承建了蘇州河閘橋（二期）工程、蘇州河河口水閘工程和蘇州河底泥疏浚工程。這次的三期工程得到了上海市委領導的高度關注，中共中央政治局委員、上海市委書記俞正聲到蘇州河疏浚工程現場檢查指導工作。
作為一項造福社會的民生工程，項目部在開工之初就制定了周密合理的施工方案，采取多項全新的疏浚工藝，制定了4項環保措施和10多項安全預案，做到多管齊下，文明施工，努力減少底泥疏浚對周邊市民生活和出行的影響，以及可能帶來的水體二次污染。工程使用了128艘300噸運泥船來回駁運，經過6288船次的運輸，總航程達55萬公里，相當于一艘300噸挖泥船繞地球開了14圈，平均每天疏浚外運底泥約8000立方米，創下蘇州河疏浚之最。
工程施工中，蘇州河疏浚底泥的成分復雜程度遠超預計，大量的建筑垃圾、塑料袋、汽車輪胎甚至炮彈等，經常造成吸泥的渣漿泵堵泵。項目部會同業主、設計、監理等成立了技術攻關小組，對底泥處置系統進行全面技術改造，通過6次試驗，對設備進行改造，將“吃精糧”的渣漿泵換成能夠“吃粗糧”的泥漿泵，使底泥分離得以順利實施。從挖泥現場到底泥填埋場，沿線共組建了4個指揮調度小組，全面做好管理調度工作和應對各類突發事件的準備工作。此次共分離出各種炮彈121枚，最多一天分離出7枚炮彈，正因為前期做好了危險品處置專項預案，所以沒發生一起爆炸傷人事件。
大規模疏浚后，使蘇州河水深平均增加1米以上，河道的防洪調蓄能力明顯增強，河道的通航更加順暢。更重要的是，黑臭底泥清除后，河水的自凈能力得到增強，對進一步改善蘇州河水質、修復蘇州河生態，將蘇州河打造成集旅游開發、人居環境、航運提升等多功能的“東方萊茵河”打下了堅實基礎。
