中交三航局第三工程有限公司（下簡稱公司）成立于1966年，營業執照顯示的成立時間為1991年3月19日，曾用名第三航務工程局南京第三工程公司（1991年3月——1997年5月）、第三航務工程局第三工程公司（1997年5月——2006年10月）、中交三航局第三工程有限公司（2006年10月至今）。公司原系國有施工企業，2006年10月改制為一人有限責任公司(法人獨資)，是世界500強企業中國交通建設股份有限公司旗下的子公司，總部設在六朝古都南京，曾是綜合一級施工企業，2006年首次按新資質標準取得港口與航道工程施工總承包一級資質，現注冊資本金44522.6萬元，凈資產110877.11萬元，注冊人員103人，其中一級建造師82人，中高級職稱334人。公司通過了質量、環境、職業健康安全等“三標體系”認證。

公司于二十世紀七十年代建造的我國第一艘鋼筋混凝土浮船塢“鐘山號”，在1978年榮獲“全國科學大會”獎，于1993年入選“新中國第一”；九十年代中期，中國港灣總公司興起“人學包起帆，船學華銅海，企學青島港”的活動，公司在這次活動中，以“標后預算，切塊包干”的管理經驗，得到了中港總公司的重視，并在系統內發起了“遠學青島港，近學三公司”的熱潮，公司也榮獲了中港“學青島港式先進企業”稱號；2012年，被評為“中國交建優秀企業管理金獎”的10家公司之一。

公司先后或多次榮獲過“中國建筑工程魯班獎”、“中國土木工程詹天佑獎”、“國家優質工程銀獎”、 “全國優秀施工企業”、“全國水運建設行業優秀施工企業” 、“中國建筑業雙百強企業”、“全國企業文化建設優秀單位”、“全國交通運輸文化建設優秀單位”、“中國企業形象管理典范單位”、“江蘇省文明單位”、“江蘇省建筑業競爭力百強”、“南京市文明單位”、“南京市建筑業優秀企業”等榮譽。