中交上海三航科學研究院有限公司（中交上海港灣工程設計研究院有限公司），創立于1960年，具有水運行業工程設計甲級、水運工程結構和材料檢測甲級、防腐保溫工程專業承包貳級、地基與基礎工程專業承包貳級、港口河海工程咨詢乙級等各類資質。公司是上海市高新技術企業，是集科技研發、工程設計、信息技術、特種施工和試驗檢測為一體的綜合型科研設計院，榮膺全國五一勞動獎狀、全國工人先鋒號、上海市文明單位等榮譽。 

公司下設水運工程設計研究所、海上風電設計研究所、巖土工程設計研究所、工程材料研究所、工程結構加固修復研究所、數智工程設計研究所和科技信息部等7個業務部門，下屬控股公司“上海港灣工程質量檢測有限公司”和“中交港灣（上海）科技有限公司”。同時主編并發行行業學術性科技期刊《港工技術與管理》。 

公司一貫堅持科技創新引領，加大結構、巖土、材料、機械電氣和數字化等基礎領域的高度融合，發揮關鍵技術對經營生產的引領作用，提升公司一體化服務能力。巖土深基坑設計施工優化安全評估及特種施工、清水混凝土技術、海上風電灌漿連接材料和施工技術、智能裝備、結構檢測和維修加固技術、物聯網技術運用于自動化監測等一大批創新技術成果，為港珠澳大橋、洋山深水港、東海風電等世界級項目的施工提供了科技支撐，解決大量關鍵技術問題。參與多個海內外大型工程設計項目，浦東機場擴建項目充分展示了項目前期規劃的綜合設計能力，恒逸（文萊）項目成為第一個輸出設計標準的項目，更專注于石油化工碼頭的設計，鎮海石化總廠算山碼頭擴建獲得國家優秀設計銅獎。作為服務于三航局的高質量建筑業一體化服務創新平臺，公司著力于產研結合，加速推廣“新技術、新材料、新設備、新工藝”的產業化應用。