三航局承建的長江口深水航道整治1~3期工程有利于打通進出長江的咽喉，疏通長江通航瓶頸。該項目是“十二五”全國內河水運投資規模最大、技術最復雜的國家重點工程。
長江口深水航道治理一期工程獲評2003年度交通部水運工程質量獎、第四屆詹天佑土木工程大獎、2005年度國家優質工程金質獎；長江口深水航道治理工程成套技術獲評中國航海學會頒發的2007年度科學技術獎特等獎、國家科學技術進步獎一等獎；長江口深水航道治理二期工程獲評2008年度國家優質工程金質獎、第八屆中國土木工程詹天佑獎、第八屆中國土木工程詹天佑獎創新集體；2011年，中華人民共和國交通運輸部授予長江口深水航道治理工程建設先進集體榮譽稱號；長江口深水航道治理三期工程榮獲2012-2013年度國家優質工程獎。
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